Η Γ.Σ.Ε.Ε. ιδρύθηκε το 1918, μετά από συνέδριο που έγινε από τις 21 έως 28 Οκτωβρίου. Αναφέρεται ότι σε αυτό το πρώτο και καθοριστικό συνέδριο συμμετείχαν «214 σωματεία με 180 αντιπροσώπους που αντιπροσώπευαν 65.000 οργανωμένους εργάτες». Με απόφαση του συνεδρίου καθιερώνεται η 1η Μάη, ως επίσημη γιορτή της εργατικής τάξης.
Mεγάλο ρόλο έπαιξε ο Γενικός Γραμματέας της Συνομοσπονδίας Εργατών Ελλάδας Εμμανουήλ Ξανθάκης, Ιδρυτής και πρωτεργάτης της Ομοσπονδίας.
Στις πρώτες πέντε μέρες, οι συνεδριάσεις του γίνονταν στην Αθήνα, στο Βασιλικά θέατρο, και από την έκτη μέρα στον Πειραιά, στο εκεί Δημοτικό θέατρο. Το συνέδριο αυτό ήταν καθοριστικό, και κατά τη διάρκεια του εκφράσθηκαν οι βασικές ιδεολογικές τάσεις, οι αντιθέσεις αλλά και τα προβλήματα, που συνόδευσαν την πορεία της ΓΣΕΕ για δεκαετίες.
Σύμφωνα με τον ιστορικό Γιάννη Κορδάτο, ο οποίος κάνει λόγο για «πλείστα ασταθή και αδιαμόρφωτα ρεύματα», οι βασικές τάσεις που διαμορφώθηκαν ήταν δυο. Η μία των σοσιαλιστών που υποστήριζαν, ότι η νέα Συνομοσπονδία όφειλε να βασιστεί στην αρχή της «πάλης των τάξεων» και να συνδέσει την διεκδίκηση των εργατικών αιτημάτων, με την προσπάθεια για την κατάληψη της εξουσίας από τους ίδιους τους εργάτες δια μέσου ενός σοσιαλιστικού κόμματος.
Το «σοσιαλιστικό στρατόπεδο» αποτελούσαν το συμπαγές και οργανωμένο «μπλοκ» των Θεσσαλονικέων, με ηγέτη τον Αβραάμ Μπεναρόγια, οι αντιπρόσωποι της Θεσσαλίας και μεμονωμένοι αντιπρόσωποι από τις άλλες πόλεις. Μαζί τους συμπαρατάχθηκαν το νεοϊδρυμένο, τότε, Σοσιαλιστικό Εργατικό Κόμμα Ελλάδας (Κομμουνιστικό) και η σοσιαλδημοκρατική ομάδα του Γιαννιού.
Κατηγορηματικά αντίθετοι ήταν οι Βενιζελικοί αλλά και οι αντιβενιζελικοί αντιπρόσωποι, που εκφράστηκαν από δυο «κόμματα». Το «κόμμα» των Πειραιωτών, με επικεφαλής τον Βενιζελικό Εμμ. Μαχαίρα, που περιλάμβανε αντιπροσώπους λιμενεργατών του Πειραιά, των άλλων μεγάλων λιμανιών της χώρας και των νησιών, καθώς και το αριθμητικά μικρότερο «κόμμα» των Αθηναίων, που εξέφραζε τις διοικήσεις των Εργατικών Κέντρων της Αθήνας και της Πελοποννήσου.
Διακριτή ήταν η παρουσία των αναρχοσυνδικαλιστών του Κώστα Σπέρα, που συμφωνούσαν με τους σοσιαλιστές στο θέμα της «πάλης των τάξεων», ήταν όμως αντίθετοι με την ιδέα του «εργατικού κόμματος». Οι σοσιαλιστές κατάφεραν να «περάσουν» την απόφαση για την αποδοχή της αρχής της «πάλης των τάξεων», όμως έχασαν την πλειοψηφία της διοίκησης της οποίας γραμματέας εξελέγη ο Εμμανουήλ Μαχαίρας.
Η πρώτη Εκτελεστική Επιτροπή της ΓΣΕΕ απαρτίζεται από τους Α. Μπεναρόγια, Ε. Ευαγγέλου, Ηλ. Δελαζάνο, Ε. Μαχαίρα.
Το Συνέδριο ενέκρινε επίσης ψήφισμα, που στήριζε ανεπιφύλακτα την εξωτερική πολιτική του ελληνικού κράτους. Στις λοιπές αποφάσεις του Συνεδρίου αξίζει να σημειωθεί, η καθιέρωση της ημέρας της 1ης Μάη, ως επίσημη γιορτή της εργατικής τάξης. Λόγω του συνεδρίου επίσης δημιουργήθηκαν και οι πρώτες Πανελλαδικές Επαγγελματικές Ενώσεις, όπως οι Ομοσπονδίες των Βυρσοδεψεργατών, των Υποδηματεργατών, των Μυλεργατών και Μακαρονοποιών, των Αρτεργατών, του Τύπου κ.λ.π.
Αποφασίστηκε αρχικά, η έδρα της Συνομοσπονδίας να είναι στον Πειραιά, όπου έμεινε 20 χρόνια. Το 1930 μεταφέρθηκε στην Αθήνα όταν αγοράστηκε από την εργατική εστία το κτίριο στην οδό Πατησίων 69 όπου βρίσκεται μέχρι σήμερα.
